Основан в 1900 святым праведным Иоанном Кронштадтским и назван в честь преподобного Иоанна Рыльского, его духовного покровителя. Построен в неовизантийском стиле по проекту епархиального архитектора Николая Никонова. В 1923 году здания монастыря были переданы мелиоративному техникуму; в марте 1926 года был замурован вход в усыпальницу отца Иоанна. Почти все монахини были в начале 1930-х годов арестованы и приговорены к ссылке в Казахстан. В 1989 году монастырь был был передан Санкт-Петербургской епархии. С этого времени началось его восстановление. Мощи святого праведного Иоанна Кронштадтского, одного из святых покровителей нашего города, сегодня покоятся в отреставрированном храме-усыпальнице монастыря.
«Сейчас, когда многие в мире возводят стены, разъединяющие страны, мы строим мосты, соединяющие культуры»
