Строительство церкви было задумано владельцем усадьбы Вартемяги Шлиссельбургского уезда генерал-лейтенантом графом Петром Андреевичем Шуваловым в начале ХIХ века. Новый храм решено было построить прежде всего для удобства крестьян - жителей деревень, входивших в состав имения.
В 1808 году граф Петр Андреевич скончался, не успев осуществить своего намерения. В 1825 году дело о строительстве церкви возникло снова по инициативе графа Андрея Петровича Шувалова – сына Петра Андреевича.
8 августа 1840 г. состоялось освящение храма во имя святой мученицы Софии. Церковь была названа в честь матери храмоздателей – Андрея и Григория Шуваловых – Софии, похороненной под алтарем храма.
Вплоть до революции 1917 г. церковь служила родовой усыпальницей рода Шуваловых. В 1906 г. была построена усыпальница-часовня, сохранившаяся до наших дней.
После революции семья владельцев усадьбы эмигрировала во Францию, храм был закрыт в 1932 г. и использовался в качестве склада горючих материалов. От пожара, произошедшего в 1960 г. в результате взрыва, он сильно пострадал: сгорели все перекрытия, кровля купола и алтарной части, были разрушены портики, украшавшие главный, северный и южный входы.
К концу 80-х годов, по оценке специалистов, церковь находилась в аварийном состоянии. В 1988 году весь комплекс бывшей усадьбы Шуваловых был взят под охрану государства. В 1991 году здание церкви св. мц. Софии было передано религиозной общине жителей д. Вартемяги.
В 1993 по благословению Святейшего Патриарха Алексия II храм был передан в ведение Иоанновского ставропигиального женского монастыря г. Санкт-Петербурга.
К этому времени церковь представляла собой печальное зрелище. От нее остались практически одни развалины: в храме отсутствовала крыша; были утрачены четыре купола, завершение колокольни, два портика главного и северного входов; внутри храма отсутствовало напольное перекрытие в центральной части здания, а также хоры и лестница, ведущая из подвального помещения на колокольню. Все внутреннее убранство было полностью утрачено.
В течение трех лет монастырем с помощью благотворителей велись восстановительные работы в храме. 9 июля 1996 г. Святейший Патриарх Алексий II совершил великое освящение храма в честь святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии.
За последующие 20 лет храм ветшал, приходил в аварийное состояние. Крыша протекала, разрушалась кирпичная кладка стен и колонн, внутри и снаружи стены поражались грибком, штукатурка отслаивалась. В конце 2018 г. была начата реставрация храма. Благодаря помощи почетного мецината Санкт-Петербурга Вячеслава Адамовича Заренкова был выполнен большой объем реставрационных работ и снаружи, и внутри храма, чтобы сохранить церковь от дальнейшего разрушения.
В ходе реставрации был демонтирован штукатурный слой фасадов, проведен ремонт большой части кирпичной кладки, фасады оштукатурены и окрашены в светло-бежевый цвет, каким храм был исторически. Выполнен ремонт кровли с заменой и частичной реставрацией стропильной системы и новым кровельным покрытием. Заменены старые, сгнившие окна, отреставрированы двери. Внутри храма проведен капитальный ремонт на хорах и в подсобных помещения, отреставрированы настенные росписи, иконостас и храмовые иконы. Над портиком выполнена мозаичная икона святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии, а восточный фасад украсила мозаичная икона Спасителя. Для храма изготовлена новая мебель. Трудами и усердием Вячеслава Адамовича все работы выполнены качественно и на высшем уровне. Храм засиял красотой, словно вновь построенный.
26 июлям 2022 г. на подворье монастыря в д. Вартемяги планируется малое освящение храма, которое совершит митрополит Каширский Феогноста, Председатель Синодального отдела по монастырям и монашеству.
«Сейчас, когда многие в мире возводят стены, разъединяющие страны, мы строим мосты, соединяющие культуры»
