Строительство церкви было задумано владельцем усадьбы Вартемяги Шлиссельбургского уезда генерал-лейтенантом графом Петром Андреевичем Шуваловым в начале ХIХ века. Новый храм решено было построить прежде всего для удобства крестьян – жителей деревень, входивших в состав имения.
В 1808 году граф Петр Андреевич скончался, не успев осуществить своего намерения. В 1825 году дело о строительстве церкви возникло снова по инициативе графа Андрея Петровича Шувалова – сына Петра Андреевича.
8 августа 1840 г. состоялось освящение храма во имя святой мученицы Софии. Церковь была названа в честь матери храмоздателей – Андрея и Григория Шуваловых – Софии, похороненной под алтарем храма.
Вплоть до революции 1917 г. церковь служила родовой усыпальницей рода Шуваловых. После храм был закрыт в 1932 г. и использовался в качестве склада горючих материалов. От пожара, произошедшего в 1960 г. в результате взрыва, он сильно пострадал: сгорели все перекрытия, кровля купола и алтарной части, были разрушены портики, украшавшие главный, северный и южный входы.
К концу 80-х годов, по оценке специалистов, церковь находилась в аварийном состоянии. В 1988 году весь комплекс бывшей усадьбы Шуваловых был взят под охрану государства. В 1991 году здание церкви св. мц. Софии было передано религиозной общине жителей д. Вартемяги.
В 1993 по благословению Святейшего Патриарха Алексия II храм был передан в ведение Иоанновского ставропигиального женского монастыря г. Санкт-Петербурга.
К этому времени церковь была практически разрушена. В течение трех лет с помощью благотворителей велись восстановительные работы в храме. 9 июля 1996 г. Святейший Патриарх Алексий II совершил великое освящение храма в честь святых мучениц Веры, Надежды, Любови и матери их Софии.
За последующие 20 лет храм ветшал, приходил в аварийное состояние. В конце 2018 г. была начата капитальная реставрация храма. Благодаря помощи почетного мецената Санкт-Петербурга Вячеслава Адамовича Заренкова был выполнен большой объем реставрационных работ и снаружи, и внутри храма. Храму был возвращен исторический облик, и он засиял красотой, словно вновь построенный.
«Сейчас, когда многие в мире возводят стены, разъединяющие страны, мы строим мосты, соединяющие культуры»
